锡安当然是存在的啊。这个片子里要反映的一个主题就是人类的灵魂和肉体分开了。
灵魂在母体里,肉体在现实世界也就是锡安里。注意到在母体中背景都是绿色的代表灵魂,而在锡安中背景都是蓝色的代表肉体。你只要注意到背景变成蓝色时故事都是在现实世界发生的。比如第三部最精彩的钢铁军团对章鱼大军。
为什么neo在现实世界也可以控制机器,也就是你说的超能力,应该是在第一部,他进入smith后,他的一部分和smith同化了,所以他也就具有了探员的能力,比如控制机器等。而smith也因为有了neo的部分,所以可以脱离母体控制,最后还到达了现实世界。还记得先知对neo说的吗?every thing has a beginning has an end。neo在最初和smith合体变成了the one,最后the one也将和smith合体,从而将母体恢复正常。