在这种情况下，有机食品有可能更安全，也有可能更危险。有机食品不用农药和杀虫剂，减少了使用者误服的几率。但是，有机农田对虫害控制较差，植物被咬伤以后可以分泌对人体有害的毒素，也更容易被霉菌等微生物感染，这些微生物也可以分泌毒素（比如黄曲霉素和伏马毒素）。有研究发现，有机牛奶中黄曲霉素出现的概率比传统牛奶要大（Ghidini, S, et al. 2005. Comparison of contaminant and residue levels in organic and conventional milk and meat products from Northern Italy. Food Additives and Contaminants 22(1):9-14.）
有机生产使用的肥料也未必安全，例如动物的粪便可能会对食品的安全性造成影响。在2004年的一项研究里，有9.7%的有机食物被大肠杆菌污染，只有1.6%的传统食品被大肠杆菌污染，这很可能就是动物的粪肥导致的。（Mukherjee, A, et al. 2004. Preharvest evaluation of coliforms, Escherichia coli, Salmonella, and E coli O157:H7 in organic and conventional produce grown by Minnesota farmers. J Food Prot 67:894-900.）